С помощью какого ПО можно ограничить доступ к приложениям в Windows 2000 для своей учетной записи с правами локального админа на время отпуска при работе другого пользователя с моим логином?

Или с помощью какого ПО можно корректно поставить запрос пароля на *.exe и/или каталог в Win '2000 Pro?

Если на partition файловая система NTFS, то просто нажать правой кнопкой на папку, выбрать "Свойства" и потом рубрику "Security" или как она там называется. Там можно будет права на эту папку раздавать. Таким способом никакие дополнительные проги не нужны.